آب و هوای استان خراسان جنوبی خشک و بیابانی است. 95 درصد وسعت استان خراسان جنوبی را عرصه های طبیعی در بر میگیرد؛ 22.7 درصد بیابانی، 63.3 درصد مراتع بیابانی، 7.2 درصد مراتع خوب و متوسط و 6.8 درصد جنگلی می باشد.

پس از الحاق شدن شهرستان طبس به استان، وسعت فراوانی از استان به بیابان تبدیل شد و این استان را به دومین استان بیابانی ایران تبدیل کرد.