بعضی کارشناسان بر این باورند، نام آن را تب بس بوده است تب در فارسی به معنای حرارت و داغی و بس به معنای بسی داغ است. عده ای نیز بر این باورند که اسم طبس به زبانهای سلوکیان مرتبط است.
در سفرنامه ناصر خسرو آمده است: «طبس در زمین لرزه ی شهریور 1357 به طور کامل نابود شد و بعد از آن بازسازی هایی انجام شد.»
زمین لرزه‌ای در سال 1357 خورشیدی اتفاق افتاد که باعث کشته شدن ده‌ها هزار انسان در این منطقه شد. طبس به دلیل وضعیت خاص زمین شناسی مستعد زلزله های با قدرت بالا بوده است. دکتر محمد آرایامنش زلزله شناس و استاد دانشگاه؛ که خود یکی از بازمانده های همین زمین لرزه است، بر این باورند که تا قبل از زلزله سال 1357 در این منطقه حداقل سه زمین لرزه بزرگ اتفاق افتاده است.
آب طبس از چشمه های فراوانی که از مسیر یک قنات وارد شهر می شوند و در جایی به نام فرهونگ از زیر زمین بیرون می‌آیند تأمین می‌شود. این آب در قدیم پس از آبیاری و گذر از باغ گلشن وارد شهر شده و باغ‌ها و محله ها را سیرآب می کند.
شهرستان طبس در تیر ماه، سال 1339 خورشیدی یکی از بخش های سه گانه‌ی شهرستان فردوس بود که در آن سال جدا شد و به صورت شهرستانی مجزا درآمد.
در سال 1380 خورشیدی و قبل از تقسیم استان خراسان، شهرستان طبس به یزد ملحق شد ولی چند سال بعد؛ در سال 1391 از استان یزد جدا و به استان خراسان جنوبی ملحق شد.